بدأت جامعة السعيد بتقديم أعمالها الأكاديمية عام 2004 تحت مسمى كلية العلوم الإسلامية. تأسست رسمياً بترخيص رقم 477 لسنة 2004 صادر عن وزارة التعليم العالي والبحث العلمي. بدأت الدراسة الجامعية رسميًا في الكلية في بداية شهر يوليو من العام نفسه في قسمي القرآن وعلوم الشريعة كبرامج من الدرجة الأولى.

في إطار توسعات الكلية واستجابتها لمتطلبات المجتمع وسوق العمل فيه ، صدر القرار الوزاري رقم (4) لسنة (2006) بتحويل الكلية إلى كلية العلوم الإسلامية والتطبيقية. وافتتحت بعض الأقسام الجديدة ، وفي عام 2008 احتفلت الكلية بتخريج الدفعة الأولى من الطلاب الملتحقين بالتخصصات المختلفة.
في العام الدراسي 2009/2010 ، بدأت الكلية في تقديم برامج على مستوى البكالوريوس في اللغة الإنجليزية والصيدلة والمختبرات الطبية والتمريض والمحاسبة وإدارة الأعمال والعلوم المالية والمصرفية والتسويق وعلوم الكمبيوتر والشريعة والقانون. في العام الدراسي التالي 2011/2012 ، تم تقديم برنامج البكالوريوس في طب الفم والأسنان. بدأت مرحلة جديدة من التوسع والتطوير بإصدار قرار وزارة التعليم العالي والبحث العلمي (رقم 227 لسنة 2013) بنقل كلية العلوم الإسلامية والتطبيقية إلى جامعة السعيد مع خمس كليات تقدم اجمالي 16 برنامجًا جامعيًا.